I forbindelse med utredning av matallergi må det gjøres en klinisk undersøkelse i en periode uten allergiske symptomer. Denne må inneholde høyde, vekt, ernæringsstatus og vekstutvikling. Dette er spesielt viktig hos barn. Videre skal det gjøres en generell organundersøkelse med vekt på hud, luftveier og gastrointestinal traktus. Den kliniske undersøkelsen er sammen med anamnesen også viktig for å avdekke andre atopiske sykdommer inkludert astma, atopisk eksem, allergisk rinitt og konjunktivitt. Videre utredning av disse tilstandene kan være aktuelt som del av utredning av det atopiske sykdomsbildet inkludert matallergi, men omtales ikke videre her.