Organiseringen av AIT er et viktig ledd i kvalitetssikringen. Virksomheter som tilbyr allergen immunterapi skal organiseres slik at helsepersonell kan utføre sine oppgaver i tråd med lovpålagte plikter og faglig forsvarlighet. 

• Det må være tilrettelagt slik at pasientene etter behandlingen kan observeres aktivt av trenet personell, i egnede lokaler, og raskt kan gis nødvendig helsehjelp ved uønskede reaksjoner 
• Anafylaksiberedskap er obligatorisk  

På grunn av høyere risiko anbefales i virksomheter som tilbyr behandling med SCIT en viss årlig pasientflyt tilstrekkelig til å opprettholde nødvendig kompetanse. Det bør foreligge en skriftlig plan for virksomhetens SCIT-behandling.