Oppgaven til veileder fra spesialisthelsetjenesten er å gi opplæring og veiledning slik at opplæringsteamet kan tilrettelegge for og gjennomføre EIBI ut fra en faglig forsvarlig standard. Dette innebærer blant annet veiledning i utarbeiding, gjennomføring og evaluering av barnets EIBI opplæringsplan, og sikre kvaliteten av denne. Planen skal inneholde en samling med opplæringsprogrammer innen alle utviklingsområder, hvor en beskriver atferdsanalytiske prinsipper i de enkelte programmene, mestringskriterier og generalisering.

For å sikre tjenester av høy kvalitet, må veileder fra spesialisthelsetjenesten ha både teoretisk kompetanse og bred klinisk erfaring med hensyn til både EIBI og anvendt atferdsanalyse generelt (Kompetansekrav til veileder fra spesialisthelsetjenesten; Sjekkliste kompetanse veileder i spesialisthelsetjenesten).