Dokumentasjon er en stor og viktig del av atferdsanalytisk behandling. Dette skjer på flere nivåer og utgjør en betydelig del av grunnlaget for evaluering av intervensjonen. Barnets progresjon dokumenteres innenfor hvert enkelt utviklingsområde. Både læring av nye ferdigheter og generalisering til naturlige situasjoner dokumenteres gjennom kontinuerlig innsamling av data og jevnlig kartlegging. I tillegg dokumenteres barnets generelle fungering med standardiserte kartleggingsverktøy (Kartlegging).

Både intensitet og prosedyreintegritet er avgjørende i gjennomføring av EIBI. Disse faktorene måles ved registrering av opplæringstid, og ved å sjekke om opplæringen skjer i henhold til strategiene slik de er beskrevet (Opplæringsteamet - prosedyreintegritet).

Evaluering, justering og planlegging av opplæringsmål skjer i jevnlige veiledningsmøter med opplæringsteamet og veileder fra spesialisthelsetjenesten. Kort tid mellom evalueringene bidrar til økt individualisering og større presisjonen i målvalgene. Når fokus på fremgang knyttes til små og konkrete mål, øker også ofte motivasjonen til de involverte. 

Evaluering av intervensjonen etter EIBI sjekkliste, skjer første gang etter tre måneder, deretter hver sjette måned. Denne evalueringen er basert på dokumentasjonen som er beskrevet over, samt kliniske erfaringer (EIBI evaluering; EIBI sjekkliste).